公开招标和综合评分法是政府采购的主要方式和评标方法，被各地广泛应用。但在实践中，容易出现两大问题：一是只能将诸多性能不同、规格不一的产品综合在一起进行整体采购，就是所谓的 “打包采购”。但“打包采购”中，产品的技术指标很难表述，一般的生产企业不可能提供全套产品，容易引来产品经销商和皮包公司参与投标并中标;二是公开招标采用综合评分法，价格发挥重要作用。财政部第十八号令第五十二条规定：“采用综合评分法的，货物项目的价格分值占总分值的比重(即权值)为百分之三十至百分之六十”，即在综合评分法100分总分中，价格分最高可达到60分。可见，低价成为最主要的取胜策略，以致在行业内形成不讲求质量，一味追求低价的恶性竞争。针对这样的采购结果，用户、采购人和供货人大家都不满意，有人形容这种政府采购叫作“采购两头松，招标一场空”。
产品品种多样性与方案设计的困难性
《中小学教学仪器配备目录》中共有2000余个品种，而且目录中大部分教学仪器的规格、型号栏都是空白的，部分产品虽然规格型号有描述，但是不详细。这导致了两大问题，一是用户在提出采购需求时，对很多产品描述基本上只有名称，没有产品的技术规格、型号、功能等要求，给政府采购带来很大困难;二是由于教学仪器设备价值较低，按学科划分标项，往往标项较多，但每个标项的金额较小，影响供应商的投标积极性，容易造成流标。按照《中华人民共和国政府采购法》规定，政府采购采用公开招标、邀请招标、竞争性谈判、询价采购和单一来源采购等五种方式。单一来源采购方式可以有效保证产品质量，但仅适用于只能从唯一供应商处采购的产品，而教学仪器设备往往不具备唯一供应商的条件。因此，政府采购部门一般不会批准。教学仪器设备生产技术难度较小，行业未形成准入机制，生产企业很多。如果执行邀请招标很容易受到企业的质疑;而采用竞争性谈判、询价方式采购，往往是低价中标，教学仪器质量得不到保证，容易引起采购人的不满。因此，各地在教学仪器设备政府采购中一般不会采用这三种方法。公开招投标操作相对简便，但是缺点也十分明显。可见，教学仪器设备采购方案的设计存在较大困难。
质量监管缺失与采购流程不完整
按照国际惯例，商品质量合格评定主要有三种形式：一是提供者声明;二是使用者认定;三是第三方认证。改革开放以来，我国的生产企业和各级教育技术装备管理部门制定了许多教学仪器设备的产品标准，推行产品标准化取得显著成绩。但是教学仪器设备品种繁多，且动态发展，目前仍有许多产品尚未制定标准，缺乏质量保证。同时，我国没有具有行政执法权的教学仪器设备质量技术监督机构，第三方质量认证长期缺失，导致假冒伪劣产品充斥市场。目前，一般的教学仪器设备的政府采购流程都是不完整的，主要体现在三个方面：一是购买人与使用人不一致;二是质量评价机制尚未形成;三是售后服务没有保障。